Karadeniz Teknik Üniversitesi Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Enstitüsü, 25.01.2012 tarihinde 2809 sayılı kanunun ek 30. maddesine göre Bakanlar Kurulu kararıyla kurulmuştur. Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Enstitüsü birçok disiplini kapsayan alanlarda lisansüstü eğitim-öğretim ve bilimsel araştırmalar yapılması amacıyla oluşturulmuştur. Enstitümüzün hizmet binası Menşure Mustafaoğlu'nun ailesinin katkılarıyla 2016 yılında açılarak hizmete sunulmuştur.

Denizlerdeki canlı ve cansız kaynakların yönetimi, sürdürülebilir kullanımı insanlığın bugünü ve geleceği için son derece önemlidir. Çeşitli faktörlerin etkisiyle kullanılabilir karasal kaynakların gün geçtikçe sınırlı hale gelmesi, denizel kaynakların önemini daha da artırmaktadır. Üç tarafı denizlerle çevrili olan ülkemizdeki kıyı ve deniz kaynaklarının doğru, bilinçli ve sürdürülebilir kullanımı, bu kaynakların bilimsel olarak araştırılması ve uzman kişiler tarafından yönetilmesiyle mümkün olabilir. Çevre denizlerimizi politik, stratejik ve ekonomik bakımdan istenilen düzeyde değerlendirebilmek kıyı ve deniz kaynaklarımızdan en üst düzeyde faydalanabilmek amacıyla hem uzmanlar yetiştirmek ve hem de bilimsel araştırmalar yapmak Enstitümüzün ana amaçlarıdır.