Fakültemiz Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümü ile Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Bölümü, Yükseköğretim Kurulu'na (YÖK) bağlı denizcilik eğitimi veren kurumların kalite standartları yöntemi ile izleme ve değerlendirilmesinin sağlanması maksadıyla, Yükseköğretim Kurulu ile Ulaştırma Denizcilik ve Haberleşme Bakanlığı’nın yapmış olduğu "Yükseköğretim Kuruluna Bağlı Denizcilik Eğitimi Veren Eğitim Kurumlarının STCW (Gemiadamlarının Eğitimi Belgelendirilmesi ve Vardiya Standartları) Sözleşmesi Gerekleri Kapsamında Sürekli İzlenmesine ve Değerlendirilmesine Yönelik Protokol" kapsamında oluşturulan İzleme ve Değerlendirme Komitesi tarafından periyodik olarak denetlenmekte ve STCW sözleşmesinin ilgili kısımlarına göre belgelendirilmektedir. Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümü ayrıca uluslararası bir derecelendirme kuruluşu olan RINA tarafından akredite (TSE-ISO 9001) edilmiştir.